پروسه ی غیر فعال شدنِ کروموزوم X تصادفی نیست و مسلما پیش از لقاح رخ می دهد تا توازن بین کپی از ژن های کروموزوم مادری با کپی هایی که از کروموزوم پدری رسیده اند,برقرار شود و تنها در اینصورت است که یک کروموزوم X پدری و یک کروموزوم X مادری خواهیم داشت.از طرفی میدانیم کروموزوم Y ژن های تکراری و مشابه کمی با X دارد ,پس اگر غیر فعال شدن رخ نمیداد یا اگر بعد از وراثت این اتفاق می افتاد,ژن هایی تکراری از دو کروموزوم X همتای مادری به ارث می رسید و نا هنجاری رخ می داد.
درمورد تصادفی نبودن آن هم باید بگوییم این عمل غالبا در جهتی رخ می دهد که کروموزوم حاوی ژنی که عامل بیماری (مغلوب یا غالب, بسته به وجود آلل بیماری) است ,غیر فعال شود.